ابزارهای پیش بینی بیماری زایی بودن واریانت، در هنگام الویت بندی واریانت های بیماری زا در کنار اطلاعات دیگری مانند فراوانی واریانت و گزارش های قبلی در مورد شواهد بیماری زا بودن آن ها به همراه اطلاعات کلینیکال بیمار و شجره نامه ایشان، مورد استفاده قرار می گیرد. ابزارهای مختلفی بر اساس پیش بینی اثر واریانت روی توالی پروتئینی حاصل از آن و میزان محافظت شده بودن واریانت در موجودات مختلف ارائه شده اند. در این مقاله سه ابزار فرا- پیش بین که از ترکیب پیش بینی های ابزارهای رایج دیگر استفاده می کنند با نام های REVEL، GAVIN و ClinPred روی دو مجموعه داده ی که یکی از منابع قابل دسترس توسط عموم استخراج شده و دیگری مجموعه داده ی کلینیکال که از روی اطلاعات توالی یابی اگزوم و پنل با رویکردهای تحقیقاتی/تشخیصی جمع آوری شده اند، ارزیابی شده است. عملکرد این ابزارهای فرا- پیش بین با دو ابزار رایج محاسباتی SIFT و PolyPhen نیز مقایسه شده است.

 

نحوه ی تشکیل و منابع دو مجموعه داده ی عمومی و کلینیکال
نحوه ی تشکیل و منابع دو مجموعه داده ی عمومی و کلینیکال

نتایج این ارزیابی ها نشان می دهد که هرچند در پیش بینی بیماری زا بودن واریانت های داده های عمومی هر سه فرا- پیش بین عملکرد بسیار خوبی داشتند ولی در پیش بینی بیماری زایی داده های کلینیکی عملکرد همه آن ها به شدت کاهش می یابد  و بهترین عملکرد مربوط به ابزار REVEL می باشد که AUC آن تنها 0.82 می باشد. همچنین در این مقاله نشان داده شده است که ترکیب اطلاعات چند فرا – پیش بین نه تنها باعث بهبود توان پیش بینی نمی شود بلکه به علت عدم همخوانی نتایج پیش بین ها باعث افت عملکرد نیز می شود. لذا پیشنهاد می شود که اولا ارزیابی وتست ابزارهای جدید بر اساس داده های کلینیکال بیماران نیز انجام گیرد. ثانیا برای امتیاز بندی میزان بیماری زایی پیش بینی شده ی واریانت ها از ابزارهای فرا – پیش بین نسبت به ابزارهای منفرد عملکرد بهتری دارند. همچنین نباید انتظار بسیار بالایی از این ابزارها در الویت بندی واریانت ها داشت و در نهایت لزوما ترکیب اطلاعات فرا- پیش بین ها باعث بهبود عملکرد نمی شود.

 ابزارهای استفاده شده در هر فرا –پیش بین به صورت اختصاری، C, CADD; D, DANN; F, FATHMM; FC, FitCons; MP, MutPred; MT, MutationTaster; P, PolyPhen-2; S, SIFT; V, VEST.
 ابزارهای استفاده شده در هر فرا –پیش بین به صورت اختصاری، C, CADD; D, DANN; F, FATHMM; FC, FitCons; MP, MutPred; MT, MutationTaster; P, PolyPhen-2; S, SIFT; V, VEST.

 

مقایسه عملکرد ابزارهای فرا-پیش بین با ابزارهای رایج روی دو مجموعه داده عمومی و کلینیکال
مقایسه عملکرد ابزارهای فرا-پیش بین با ابزارهای رایج روی دو مجموعه داده عمومی و کلینیکال

امتیاز بندی واریانت ها بر اساس ابزار REVEL توسط لینک زیر بر مبنای ژنوم hg38 به صورت یک فایل اکسل در دسترس عموم می باشد.

https://sites.google.com/site/revelgenomics/downloads